Dom Sebastião ficou conhecido pelo cognome “O Desejado” pois nasce após a morte de seu pai, o príncipe Dom João, numa altura em que se temia pelo futuro da Dinastia de Avis.
A derrota na batalha de Alcácer-Quibir levou à crise dinástica de 1580 e ao nascimento do mito do Sebastianismo.
Com a morte de D. Sebastião a esperança do futuro da dinastia recaiu sobre D. Henrique, um clérigo, idoso, incapaz de gerar ou escolher um sucessor.
Filho bastardo do Príncipe D. Luís, Dom António, foi Prior do Crato, governador de praça africana, soldado e pretendente à coroa portuguesa.
A batalha de Alcântara tem lugar às portas de Lisboa entre as forças lideradas pelo duque de Alba e as de António Prior de Crato.
Em 15 de Abril de 1581, as cortes reunidas em Tomar declararam Filipe II de Espanha rei de Portugal.
O final do século XVI foi um período conturbado na história dos arquipélagos atlânticos.
Em 1588 Filipe I de Portugal reuniu, em Lisboa, centenas de navios com objetivo de destruir a força naval britânica e invadir aquele reino. Era conhecida pela Invencível Armada, mas… Foi vencida.
As guerras luso-holandesas começam em 1595 com o ataque Holandês a S. Tomé e Príncipe e terminam em 1663 após a assinatura do tratado de Haia. Pelo meio registaram-se ataques e ocupações no Brasil, África e Ásia portuguesas.
Filipe II (1578-1621) de Portugal foi um rei culto, dedicado a diversas artes deixando a governação para os seus ministros. Durante o seu reinado Portugal perdeu muita da sua autonomia. Várias possessões ultramarinas portuguesas foram atacadas ou tomadas por outras potências europeias.